土地增值税清算过程中对商住一体项目如何计算土地增值税？

问题内容：我公司开发一小区，小区中有临街一、二层为商业用房，二层以上为住宅用房，总有21层的商住一体房屋一栋。在土地增值税清算过程中，按照《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》国税发〔2006〕187号文件“一、土地增值税的清算单位开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。”的规定，我公司在土地增值税清算时是否把本属于一体的单位工程分为普通住宅和非普通住宅进行土地增值税清算？如分开如何确定非普通住宅建筑成本和土地成本？上述单位工程根据财政部建设部《建设工程价款结算暂行办法》“第十三条工程进度款结算与支付应当符合下列规定（一）工程竣工结算方式工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。”的规定，竣工结算只能为整栋房屋，不能将本单位工程中的商业和住宅分开结算工程造价，请问：我公司是否可以将该栋房屋作为独立的土地增值税清算对象进行清算？有何政策依据？