2015年1月，税务师受托对某生产企业（增值税一般纳税人）2014年业务审核时，发现以下业务，可能存在问题：

（1）销售给A公司一批货物，货款金额351万元，工厂成本220万元，货已发出，成本已结转，货款汇入“其他应付款”账户；

（2）该生产企业某产品按规定售价上浮10%，价款合计为35.1万元列入“其他业务收入”账户，成本已经结转，未缴纳相关税费；

（3）该生产企业因管理不善发生盗窃案，损失库存的一批外购原材料的成本为8000元，保险公司赔偿损失5000元，差价列入“管理费用”账户，该企业已进行年终结账。

提示：不考虑城建税和教育费附加。要求：根据以上资料，分析该企业存在问题并补缴增值税、所得税，作出相应会计处理。