上海机场控制区通行证管理办法处罚的种类包括：

A.对违反通行证管理和使用规定的单位和人员，由分局实施处罚。

B.责令停业整顿

C.暂停申办单位办理通行证

D.对违反门禁使用规定的人员，由机场门禁系统管理部门暂停或取消其门禁的使用，情节严重的由分局处罚。