甲公司属于营业税改征增值税试点地区的小规模纳税人，主要从事货物运输业务。2013年5月，A公司因提供运输劳务开出增值税专用发票，发票注明的不含税销售额是50 000元，增值税征收率是3%，款项尚未收到。当月，甲公司将该运输劳务的一部分转分给不属于营业税改征增值税试点地区的小规模纳税人乙公司，并收到乙公司开出的营业税发票20 600元，款项已经支付，则下列关于甲公司的处理正确的是()。