最近邻碱基分析技术用来测定在酶促合成的DNA中某一特定核苷酸与四种核苷酸中的每一种相邻的频率。在三种非标

记和第四种在α上带³²P标记的脱氧核糖核苷三磷酸存在下进行合成。合成的标记DNA再用核酸酶降解，该酶作用于每个磷酸基团的5'侧，因而产生3'单核苷酸。这样，在dATP内的α-³²P就留给了在5'侧与该A残基相邻的核苷酸上，举例如下(箭头指酶解位点)：

pXpApYpZ→Xp+Ap+Yp+…

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这样，从Ap、Gp、Cp和Tp得到的放射性标记相对量就分别表示在合成的DNA中二核苷酸ApA、GpA、CpA和TpA的相应频率。在合成反应中用另一种标记的三磷酸，如α-³²P-dTTP，则可得到ApT、GpT、CpT和TpT的频率。依此类推，可得到所有16种可能的二核苷酸的频率。对于某一特定的DNA分子，一些最邻近频率为：ApG，0.15；GpT，0.03；GpA，0.08；TpT，0.10。在每种情况下最邻近碱基均按5'→3'方向书写。